ニポウディスクに穴が空いているだけでは、レーザーを絞るときに損失が大きい。

そこで図1のようなシステムの共焦点レーザー顕微鏡が開発されている。

ニポウディスク方式を用いた多点走査型共焦点レーザー顕微鏡システム

図1:ニポウディスク方式を用いた多点走査型共焦点レーザー顕微鏡システム

このシステムではピンホールアレイとマイクロレンズアレイが対になっており、マイクロレンズ1つにピンホール1つが割り当てられている。マイクロレンズアレイとピンホールアレイは軸に固定されて同時に回転する。そのため、2つでニポウディスクの働きをする。マイクロレンズアレイを用いることによって、穴のみのニポウディスクよりもレーザー光の利用効率を10倍程度向上できる。

ニポウディスク方式の共焦点レーザー顕微鏡では光を面で受けることができるので、光検出器にはCCDが一般的に使われている。