共焦点レーザー顕微鏡にはいくつかの特徴がある。以下に特徴を列挙する。

1. 解像度の高い顕微像の取得
2. 3Dイメージング可能
3. 高コントラスト

解像度の高い顕微像の取得

図1のように、共焦点レーザー顕微鏡はピンホールを用いて集光点で生じる光だけを抽出するため、ピントのあった鮮明な画像を取得することができる。

3Dイメージング可能

スキャナで集光点を走査して2次元像を取得しつつ、試料の厚さ方向にも走査することによって、深さの異なる断面画像を取得することができる。厚さ方向の走査は、試料台または対物レンズにステッピングモータやピエゾ素子を取り付けて行われる。取得した複数枚の断面画像をボリュームレンダリングして立体像を構築することができる。

高コントラスト

ピンホール、光学フィルターによって迷光や散乱光によるノイズが低減されるため、高コントラスト像を取得することができる。