テラヘルツ波は一般的に透過率が高いため、吸収スペクトルの検出感度が低くなってしまう。微量検出が苦手な面があるが、テラヘルツ分光では次のような有機分子中の分子欠陥を知る事ができる。
- 不純物（分子レベルの異物混入）
- 光学異性体
- 結晶多形、アモルファス多形
- 劣化
- 酸化
- 吸湿/脱水(擬似結晶多形)
- 分解
これらは、テラヘルツ分光で様々なスペクトルを示すため、物質や状態を同定できる指紋スペクトルとして利用できる。
図1: 有機分子中の分子欠陥
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